对于非结核分枝杆菌病的治疗，主要是根据药敏试验结果，常规采用4-5种药物联合治疗。对于免疫力低下者，还需要联合使用提高免疫力的药物，如胸腺肽或者干扰素，常用的药物有β-内酰胺类、大环内酯类、吩嗪类等，具体如下：
1、β-内酰胺类：如阿莫西林具有很强的抗菌活性，可杀灭非结核分枝杆菌。
2、大环内酯类：常用的药物有阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素，可抑制细菌蛋白质的合成，从而达到杀菌的目的。
3、吩嗪类：如氯法齐明可抑制分枝杆菌生长。
4、氟喹诺酮类：可抑制细菌DNA复制，常用药物有左氧氟沙星、环丙沙星等。
5、利福霉素类：可干扰细菌DNA的合成，达到杀菌的目的，常用药物有利福布汀。
6、氨基糖苷类：可抑制细菌蛋白质合成，从而达到杀菌的目的，常用药物有链霉素、阿米卡星等。
7、抗结核药：可破坏细菌细胞壁，常用的药物有乙胺丁醇。