毛果芸香碱和毒扁豆碱的区别主要是作用机制，毛果芸香碱滴眼液是胆碱能受体激动剂，直接作用于眼的瞳孔括约肌，使瞳孔缩小。毒扁豆碱是一种胆碱酯酶抑制剂，抑制神经反射中的胆碱酯酶，从而使乙酰胆碱的作用能力增强，也能起到缩瞳的作用。但是毒扁豆碱的作用比毛果芸香碱略强，持续时间也略长，在治疗青光眼的过程中可以轮流滴用，能起到更强的缩瞳作用，从而使房角打开，使房水循环流畅，使青光眼的眼压降低，所以这两种基本上在眼科的闭角型青光眼中使用。