胚胎停育的治疗方式，要根据胚胎停育的原因来针对性进行治疗。如果是因为胚胎本身染色体异常，建议化验夫妻双方染色体。如果是男方精子质量差所引起的胚胎停育，建议男方口服中药改善精子质量。还有可能是女方的内分泌因素引起的胚胎停育，常见的是甲状腺功能减低，建议定期服用优甲乐，在妊娠早期甲状腺功能变化较大，可以考虑每周复查。
另外，还有可能是女性存在免疫异常所引起的胚胎停育，可能有抗核抗体或抗磷脂抗体综合征等免疫异常，出现这些免疫异常需要在备孕期间口服免疫抑制剂进行治疗，服用免疫抑制剂期间需要定期复查HCG、孕酮，还要复查免疫相关指标，可以考虑给用低分子肝素进行抗凝治疗。