肺脓肿是由于化脓性炎症导致肺组织坏死而形成的一种脓腔，其治疗主要是给予积极的抗感染治疗，就是针对引起的病原菌不同，选择敏感的抗生素来进行治疗。如果是厌氧菌感染，可以选择青霉素类药物，比如阿莫西林克拉维酸钾，也可以选择甲硝唑、替硝唑等药物。
如果是血源性的肺脓肿，多由葡萄球菌和链球菌感染所引起，可以选择头孢类抗生素，包括头孢呋辛、头孢哌酮等药物。如果考虑是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌感染所引起，还可以选择万古霉素，同时要给予积极的脓液引流治疗，包括进行体位引流或者行支气管镜冲洗吸引。部分患者形成慢性的脓腔，迁延不愈的情况下还可以行手术治疗。