治疗甲沟炎是循序渐进的过程，当发生甲沟炎时，如果有指甲长进肉里，先要将嵌入肉里的指甲剪除，如果局部发生脓肿，可以通过切开引流的办法，将局部清疮。充分清理后，可以在局部涂抹莫匹罗星软膏，能有效地防止甲沟局部发炎、感染，从而促进甲沟炎的痊愈。
平时可以用碘酒在指甲的两侧涂抹，碘酒除了可以杀菌、抗炎外，还可以促进甲沟内组织的新陈代谢。市面上有很多治疗甲沟炎的方法，可以自行选用甲沟矫正贴片，通过物理方法矫正指甲，防止指甲嵌进肉里。