电子直肠镜检查并不是特别疼，电子直肠镜主要是针对直肠部位进行检查，用于排除直肠方面的疾病，这种检查相对比较简单，并且在检查前无需进行特殊准备，只需要患者肠道中的粪便排干净，直肠处于空虚的状态中可以进行。
电子直肠镜检查时会引起一部分的不适症状，程度并不是特别严重，大多数人都可以耐受，但是有一部分人直肠中会存在有病变，比如患有直肠息肉、直肠炎、直肠肿瘤，这些人在进行检查时，内镜会对这些病变部位造成损伤，因此患者的疼痛感会相对比较严重。对于直肠相对健康的患者来说，不适感程度就会相应减轻。对于疼痛、难受比较低的患者来说，可以进行局部麻醉，以减少不适的反应。