甲状腺功能减退症时最常见的并发症是高脂血症，由于代谢减慢，血脂异常最为常见，多发生高甘油三酯血症、高胆固醇血症，有些患者甲减发生时就是以高脂血症为首发症状。患者还可以出现心血管系统其他并发症，包括心率慢、心音低钝、心包积液、心衰，还可以出现记忆力减退、嗜睡、关节疼痛、体重增加、黏液性水肿。
有些患者还可以出现手掌、脚掌发黄，以及甲减性肝损害、甲减性粒细胞缺乏症。发生甲减时，甲状腺激素水平下降、促甲状腺激素水平升高，应该给予左甲状腺激素替代治疗，一般从小剂量开始逐渐加至能够完全替代的剂量。而由垂体、下丘脑导致的甲减发病率非常少见，大多数都是由于原发性甲状腺功能减退症所造成。