重症肌无力是一种神经-肌肉接头处的自身免疫疾病。神经冲动传到神经末梢，神经末梢释放一种递质叫做乙酰胆碱。乙酰胆碱和肌肉肌膜上乙酰胆碱受体结合，从而对肌肉发出指令，使肌肉收缩、舒张，或者收缩多大力度、舒张多大力度。
自身免疫紊乱后会产生对突触后膜乙酰胆碱受体的抗体，使乙酰胆碱受体遭到破坏和减少，和乙酰胆碱结合的受体减少，给肌肉的指令减少，肌肉的冲动也会减少，可造成肌肉无力，严重时可造成肌肉萎缩，这是重症肌无力的病因。
具体原因既为什么会产生自身免疫紊乱，目前还不太清楚，需要进一步的研究。