临床上治疗脑萎缩并没有特别有效的药物，但是如果改善患者的生活方式，控制脑血管病的危险因素，会对脑萎缩有一定的改善。
常用的就是控制脑动脉硬化，比如患者有高血压、糖尿病、高脂血症、高同型半胱氨酸血症，需要针对这些基础疾病进行治疗。针对脑萎缩用药，主要是应用改善患者认知，改善脑代谢的药物。
常用的胞磷胆碱钠片、奥拉西坦胶囊、茴拉西坦胶囊、脑蛋白水解物片等，都可以改善患者的脑代谢，改善患者记忆力减退的症状。改善脑血液循环，可以口服银杏叶提取物片、血塞通片、蛭蛇通络胶囊等药物。