原发性骨质疏松的病因和发病机制尚不清楚，但是凡可以导致骨吸收增加和骨形成减少的因素，都可以导致骨丢失和骨质量的下降，促进骨质疏松症、脆性骨折的发生和发展。导致骨吸收增强的主要因素是性激素的缺乏、活性维生素D缺乏、甲状旁腺激素分泌增多，以及细胞因子表达紊乱。
导致骨形成减少的因素，主要有以下几个方面：第一、峰值骨量降低；第二、骨重建的功能衰退。影响骨质量的因素主要与遗传因素有关，骨质量下降也可以导致骨脆性增加，以及骨折的风险增高。多重诱因可以导致过度的骨重建，或骨重建过程中骨吸收、骨形成失衡，导致骨量减少、骨质量下降、骨强度降低，发生骨质疏松症。