女性闭经先要检查血、尿HCG和B超除外妊娠可能，除外妊娠之后，最常见的原因是内分泌疾病，要检查女性性激素六项和甲状腺功能。有时多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、卵巢功能早衰等特异内分泌疾病会表现为闭经，有各自的临床特点和激素表达特点，需要做出鉴别和处理，比如高泌乳素血症表现为血泌乳素升高，常常给予溴隐亭治疗。如果有垂体瘤，需要手术治疗。
当然有时闭经也与器质性病变相关，如果女性近期有宫腔操作病史，比如人流、刮宫等。人流刮宫之后出现闭经，要除外手术损伤的可能，有时手术会造成子宫内膜变薄、宫颈管粘连甚至宫腔粘连，需要做出鉴别和处理。