巧克力囊肿手术之后三个月可以进行备孕，因为怀孕对于卵巢巧克力囊肿本身就是一个很好的治疗方法。
由于妊娠期没有月经来潮，卵巢巧克力囊肿内陈旧的血液就不会增加，在怀胎十月以后巧囊有可能变小，甚至消失，而且在巧囊手术之后可以抑制复发，所以在卵巢巧克力囊肿手术之后可以尽快计划怀孕。
对于平时月经周期规律的女性，可以在排卵期，也就是下一次月经来潮前的14日左右，适当增加同房的次数，可以提高受孕的几率。
但是对于平时月经周期不规律的，可以去医院进行超声来监测排卵，根据超声监测情况来指导同房。