会厌囊肿的治疗通常是以手术为主，但是如果会厌囊肿比较小，局限于会厌舌面比较局限的区域，不会有什么明显的症状，不会有什么不良反应，这种情况可以不治疗不手术，持续观察就可以，有可能会终生不发展，也就不必采取任何治疗措施。
会厌囊肿如果持续增大或者会厌囊肿比较大，会导致一定程度的吞咽困难，导致一定程度的咽喉异物感，吞咽困难表现为吞咽时可以有呛咳的表现，这种情况如果通过喉镜检查确认了有比较大的会厌囊肿存在，就建议考虑手术切除，手术通常是喉镜下的会厌囊肿切除手术，手术疗效还是比较确切的，治疗效果比较好，手术创伤也不大，所以这个情况也不用过分紧张。