颅内静脉窦血栓的治疗，主要是使用肝素或低分子肝素进行抗凝。这种抗凝应该在疾病的早期进行，以尽可能地恢复管腔的复通。对于抗凝治疗的总体目标就是改善结局，而避免发生后遗症。治疗的近期目标是使闭塞的静脉窦或者是静脉再通，防止血栓的进一步扩展，也就是防止血栓扩展到脑的桥静脉等。治疗潜在的血栓前状态，防止身体其他部位也同样发生深静脉血栓的形成，尤其是容易导致肺栓塞，甚至危及生命。
一般来讲，颅内静脉窦血栓早期、足量、足疗程的抗凝治疗，对于血栓的预后较好，大部分病人都可以恢复正常的健康，只有少部分会发生高颅压或其他情况导致死亡。