脑淋巴瘤70%-80%位于脑的幕上部位，比如大脑半球的额叶、颞叶，深部脑白质、丘脑等基底节区，胼胝体和脑室周围，少数会累及后颅窝、软脑膜和脊髓，极个别会出现在脑室内，多表现为局灶性的相应部位的神经功能缺失症状，或进展性认知功能障碍。部分患者会出现头痛等颅内压增高的表现，或出现视力障碍的表现，癫痫发作比较少见，后期可能会出现尿便障碍。
局灶性神经功能缺损的症状，比如出现在额叶可能会出现执行功能下降、言语功能障碍及肢体的运动障碍，出现在颞叶可能会导致记忆障碍、情感障碍以及出现言语理解障碍。如果出现在脑白质或丘脑基底节区，可能会导致肢体的偏瘫、麻木，甚至认知功能障碍，如果出现在胼胝体和脑室周围，可能会出现认知方面的障碍。