甲钴胺分散片是比较安全的药物，副作用比较少，可能的副作用包括：
第一、过敏反应，过敏反应主要表现为出现皮疹和瘙痒的症状，这种情况发生率比较低。
第二、胃肠道反应，甲钴胺有可能会导致食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等症状，在停药后这种情况就会消失。
第三、虽然甲钴胺是一种B族维生素，也没有临床试验显示甲钴胺有致畸作用，但是甲钴胺对于怀孕及哺乳期妇女安全性尚不明确，所以孕妇及哺乳期的妇女不要使用。
第四、从事汞及其化合物的工作人员，不易长期大量口服甲钴胺分散片，这是因为甲钴胺中含金属元素钴，能和汞发生置换，产生钴离子，从而导致重金属中毒，同时也会使甲钴胺失活。