巧克力囊肿做腹腔镜手术，原则上讲没有明确的时间限制，只要不在月经期都可以做手术。但是如果有以下情况是需要选择时间的：
第一、如果是因为巧克力囊肿合并不孕，需要在进行巧克力囊肿剥除手术的同时进行输卵管通液；
第二、合并宫腔病变，同时在一次麻醉下进行宫腔镜检查的时候，就需要选择在月经干净的3-7天之内。因为不管是输卵管通液还是宫腔镜检查，如果子宫内膜偏厚就会导致医源性子宫内膜种植，以及上行性感染。
所以说在合并上述手术时，就需要选择特定时间，如果单纯做巧克力囊肿剥除手术则不需要选择特定时间，只要不在月经期都可以进行巧克力囊肿的腹腔镜手术。