乙型脑炎的治疗首先要根据病毒来选用抗病毒药物进行治疗，做针对病因的治疗。同时要根据诊断对症的治疗，要维持生命体征的稳定，给予支持治疗和对症治疗，避免发生全身的并发症而导致生命危险。
还要针对脑炎的症状进行治疗，通过控制好脑炎而改善体温，以及还要根据脑炎受损的情况给予脑蛋白水解物、神经节苷脂或者鼠神经生长因子起到脑保护的作用。同时还要给予血针对脑炎的这种症状，肢体瘫痪的康复训练治疗。还可以用脱水剂进行降颅压的作用，改善因为颅压增高而出现的头痛、恶心、呕吐症状，还要用药物来对症治疗，改善整体脑炎的基础状况。