克罗恩病如果出现内瘘引起的腹腔感染，或者引起肛瘘以及结肠癌变等，是可以手术治疗的。
但是，临床上克罗恩病的治疗主要还是以内科药物治疗为主，常用的药物有氨基水扬类的药物，比如美沙拉嗪、柳氮磺吡啶，还有激素类的药物，以及免疫抑制剂，同时可以服用调节肠道菌群的药物，以及促进肠道黏膜愈合的药物等。
同时，还需注意生活方式调整，不宜吃辛辣、生冷、刺激性强的食物，尽量选择清淡、温热且容易消化的食物，减少对肠道的刺激。