扁桃体炎和咽炎是两种不同的疾病，扁桃体炎分急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎，咽炎也分急性咽炎和慢性咽炎。在急性炎症时期，扁桃体炎往往咽痛会比较重，会同时伴发全身的症状，比如体温升高、有全身的乏力等等症状，张嘴看扁桃体会有明显的充血、红肿，还有一些人扁桃体表面会有化脓点。
急性咽炎也有咽痛或者咳嗽、痰多等情况，检查扁桃体并没有太多的表现，而是咽部有明显的充血、黏膜的肿胀或者淋巴组织的增生。慢性炎症，扁桃体炎和咽炎光从症状并不是很好区分，可能都会有咽异物感、痰多、清嗓等等症状，检查扁桃体是慢性的充血。慢性咽炎是咽部的黏膜慢性充血，或者咽后壁、咽侧壁有淋巴组织增生。