肝囊肿通常没有明显的症状，在查体的时候发现肝脏囊性占位，比较大的肝囊肿会由于挤压周围的器官，或者牵拉肝脏包膜而出现腹胀。少数的肝囊肿是由于囊肿壁出血而出现腹痛症状，有的会合并感染而类似于出现肝脓肿的表现，主要症状包括疼痛、寒战、发热、肝功能异常，甚至有的会出现黄疸。有一种肝囊肿属于常染色体显性疾病即多囊肝，肝脏布满，大小不等，成千上百大大小小的水泡样囊肿，这种多囊肝往往肝脏体积明显增大，病人出现严重的腹胀，部分由于合并肝功能不全而出现黄疸、腹水。