亚临床甲减与甲减的发病原因一样，亚临床甲减最常见的病因是以下几点：
第一、自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等。
第二、甲状腺破坏，包括手术、碘-131、颈部放疗后，均可以导致亚临床甲减。
第三、药物，比如碘过量可以导致甲状腺过氧化物酶抗体，以及甲状腺球蛋白抗体阳性的患者发生甲减。含碘的药物主要是胺碘酮，诱发甲减的发生率是5%-22%，其它的药物比如抗甲状腺药物，也可以阻断甲状腺激素的合成，锂盐也可以阻断激素的合成和释放。
第四、先天性甲状腺缺如或者异位，也可以导致甲减。