下肢肌间静脉血栓一旦形成，应尽早在正规医院的血管外科就诊，并行下肢静脉彩超、血常规、凝血常规以及D-二聚体的检查，如病人不存在抗凝治疗的禁忌症，则应尽早开始抗凝治疗，包括使用低分子肝素或口服的新型抗凝药物，同时也可以应用溶栓治疗。
一般尽早开始的足量、足疗程的抗凝治疗，可以使大部分病人的血栓复通，而使局部水肿的症状减轻，今后的并发症也会减少。治疗期间也同样要进行绝对卧床，以避免由于肌肉收缩导致的血栓脱落引起肺栓塞，危及生命。