打流感疫苗的坏处有一般接种反应可有发热、头疼、局部红肿等不良反应，但一般1-2日后自行消失。需要注意的事项是对蛋白过敏、炎症过敏体质，患格林-巴利综合征、急性发热性疾病、慢性病发作期，还有12岁以下儿童不使用全病毒灭菌疫苗。
接种的对象，除对蛋白过敏、慢性肺部疾病、肾病、心脏病、严重贫血以及免疫缺陷病儿禁止接种以外，其余人群皆可接种。接种的方法是灭活流感疫苗采用上臂三角肌皮下方注射，6个月至8岁的儿童从未接种过流感疫苗者首次接种需两剂次，间隔四周以上，上一个流感季节接种过一剂，或以上流感疫苗的儿童，则接种一剂即可，8岁以上儿童及成年人接种一剂。
在流感流行高峰前1-2个月接种流感疫苗能更有效发挥疫苗的保护作用，推荐接种的时间大约为9-11月份，各地区根据当地流行的高峰季节，以及对疫情监控的结果分析预测确定，并及时公布当地的最佳接种的时间。