神经肌肉萎缩症的治疗，首先要积极治疗原发疾病，肌炎、多发性肌炎、肌营养不良。通过病因的治疗，对症给予激素或者离子通道的药物，可以改善肌肉的疾病，改善肌肉萎缩症状，再给予运动和营养神经的药物来改善。
重症肌无力需要治疗，激素和溴吡斯的明可改善重症肌无力。同时通过康复的训练，可以改善神经肌肉萎缩症。还要治疗周围神经病，包括糖尿病人要戒酒，改善糖尿病，再给予营养神经，可以改善神经肌肉萎缩症。周围神经疾病要给予免疫抑制剂，炎症的药物和营养神经的药物可以改善神经肌肉萎缩症。