单纯性肾囊肿早期没有明显的症状，只有当肾囊肿较大时，会出现腰腹部酸胀不适的情况。如果肾囊肿受重力撞击时常见有血尿，有镜下血尿和肉眼血尿，以镜下血尿为主，多伴有腰痛加剧的情况。在临床体检时可触及肿大的腹部包块，可以伴有高血压，泌尿系统彩超可以提示肾囊肿大小的情况。
如果单纯性肾囊肿伴有肾功能衰竭时，可以出现蛋白尿、血肌酐升高、贫血、恶心、呕吐及厌食等症状，多是肾功能衰竭引起各系统损害的症状。如果肾囊肿较大，可以使用手术进行减压治疗，以保护肾功能。如果出现肾功能衰竭，需要及时的降肌酐治疗，延缓肾功能恶化。