乙型脑炎通过系统的治疗，大部分患者能够在半年内完全恢复，但是少部分患者重症患者，半年以后可能仍然存在精神、神经方面症状，乙型脑炎的治疗主要是对症治疗，高温患者应进行降温的处理，惊厥患者需要使用镇静止惊的药物，如果是脑水肿要使用脱水、降低颅内压药物，如甘露醇。
如果患者呼吸道分泌物堵塞呼吸困难，还应给患者进行气管切开的处理，可以使用肾上腺皮质激素进行治疗，如果是重症的乙型脑的患者，早期应用肾上腺皮质激素对于预后有良好功效，早期还需要给患者使用广谱的抗病毒药物进行治疗，改善患者的症状，广谱的抗病毒药物包括病毒唑、双嘧达莫。