怀孕三个月查出甲亢胎儿是否还能够保留，主要根据当时的情况，如果做孕检没有发现畸形孩子还是可以要的。另外还要根据孕妇的年龄，如果孕妇头一胎年龄过大，下次再怀孕还是有一定困难的，还要尽量保住这个孩子。
一般来说，可给予抗甲状腺药物进行治疗，给予最小剂量的抗甲状腺药物，使甲状腺激素保持在相对正常的状态下，待生产以后再进行彻底的治疗，怀孕三个月查出的甲亢是要进行治疗的，因为甲状腺激素过高对胎儿和孕妇也会造成不利的影响，高甲状腺激素本身也有致畸的作用，高甲状腺激素对孕妇也会产生很大的风险，所以要治疗。