对于子宫内膜异位症合并不孕的患者，首先要按照不孕的诊疗路径进行全面的不孕症检查，排除其他不孕因素。
其次单纯药物治疗对自然妊娠无效，腹腔镜是首选的手术治疗方式。年轻的子宫内膜异位轻中度者术后可期待自然妊娠六个月，并给予生育指导。有高危因素者，应积极行辅助生殖技术助孕，高危因素包括年龄在35岁以上，不孕年限超过三年，尤其是原发性不孕的患者，重度子宫内膜异位症、盆腔粘连、病灶切除不彻底、输卵管不通这些都是属于高危因素。