糖皮质激素治疗甲状腺疾病的副作用主要有以下三个方面：
第一、大剂量和长期的应用可以引起医源性的库欣综合征，表现为满月脸、向心性肥胖、紫纹、皮肤变薄，以及痤疮等。
第二、血糖升高，可以出现糖尿病的倾向，血钙和血磷的降低，而血钠升高，造成水钠潴留、血胆固醇升高、血脂升高、骨质疏松症、病理性骨折，以及股骨头的病变，还可以出现肌痛、肌无力，以及肌萎缩等。
第三、诱发或加重消化道溃疡，溃疡、穿孔、真菌感染和病毒感染、结核病加重、创面或伤口愈合不良等。