脊索瘤基本都是良性肿瘤，生长非常缓慢，病程比较长，所以脊索瘤一般不会危及生命，不会造成死亡。
脊索瘤虽然是良性肿瘤却具有恶性肿瘤的特征，生长的位置位于颅底比较深，而且容易侵犯颅脑重要的神经和血管，呈浸润性生长的模式。
另外脊索瘤术后非常容易复发，偶尔还会发生转移，不容易彻底的切除和根治。脊索瘤术后的5年生存率在60％-70%，如果术后配合放疗比如伽马刀、质子刀或者X刀，生存率会有部分的提高。