磁共振检查不同的部位，检查时间的长短是不一样的，而且平扫和增强还是不一样，增强还需要检查过程当中打针。有一些的磁共振检查，比如像心脏或者腹部还需要患者听从口令配合，有吸气、憋气的动作。
除此以外，一般来讲磁共振检查，患者只需要平躺在机器当中，工作过程当中会产生比较大的噪音，所以一般来讲也会给患者戴着耳塞。当然如果耳塞影响到检查部位，为了保证检出病变，可能也会不佩戴耳塞，会有比较大的噪音。
此外在狭小的空间，如果患者有幽闭恐惧，会出现心率加快以及疼痛感觉，其它的磁共振不会有太明显的感觉，部分患者可能会感到平躺被动会有发热的感觉，做完之后可能会少量地出汗。