新型隐球菌脑膜炎常进行性加重，预后不良，死亡率较高，没有经过治疗的患者常常在数月内死亡，平均病程6个月左右。
经过积极的治疗可也可能出现严重的并发症和神经系统的后遗症，可在数年内病情反复缓解和加重。新型隐球菌脑膜炎的预后与是否尽早的诊断，以及是否尽早地应用了有效的抗真菌药物有关，以及病人会出现严重的颅内压增高，是否积极的进行了脱水降颅压，防治脑疝的治疗有脑积水者是否进行了侧脑室分流减压手术，以及因为本病的病程非常长，病情比较严重，机体长期慢性消耗比较大，患者的全身的营养、护理，以及防治肺部和泌尿系统感染的并发症等等原因都影响病人的预后。因此隐球菌脑膜炎患者生存时间不可一概而论。
患者可因颅内压升高致脑疝而危及生命，因此颅内高压的观察与护理显得十分重要。术后嘱患者去枕平卧4-6小时，卧床期间不可抬高头部，以防发生头痛、腰痛、脑疝等并发症。