发生胎儿畸形的原因比较多，综合起来主要有胎儿因素、遗传因素、环境因素和综合因素这几个方面。
我们国家胎儿出生缺陷的发病率大约在5.6%，胎儿在发育的各个阶段出现问题，都可能会导致胎儿畸形的发生。
在受精卵形成的阶段，如果胎儿父亲或者是母亲任何一方的染色体存在问题，都可能导致胎儿畸形的发生，主要是遗传性胎儿畸形的病因。
另外，像生活环境当中的有害物质、母体精神压力过大、孕期发生感染或者是用药不当等等，都可能会导致胎儿畸形的发生。