子宫内膜异位症的临床表现与子宫内膜异位的部位有关，一般情况下子宫内膜通常异位在盆腔，可以因为经血倒流导致，病人可以出现进行性加重的继发痛经，可以出现性交痛或者下腹痛等不适。
当子宫内膜异位症造成盆腔粘连时，可以造成消化道的症状，如排便不适等。极少数患者可以出现远隔器官的子宫内膜异位症，如月经期同时伴有鼻出血或者周期性气胸、周期性腹泻、便血等。虽然发病比较少，但是也属于子宫内膜异位的一种，需要病理来证实。