吞咽困难的治疗方法包括促进吞咽功能恢复，代偿方法使用以及外科手术治疗。能够促进吞咽功能恢复的方法，包括口腔训练、气道保护，以及表面肌电生物反馈训练，改良的导管球囊扩张技术以及针灸治疗。
代偿的方法包括针对食物的质地、性状的调配，以促进患者对食物的吞咽，防止发生呛咳，比如粘稠的糊状食物是最不容易导致呛咳的，可以采用吞咽姿势调整进行吞咽功能的逐渐恢复。
很少用外科手术的方法应用于经康复治疗，或代偿无效的严重吞咽功能障碍、反复误吸的患者。