渐冻人症即肌萎缩侧索硬化的病因以及致病机制尚未完全明确，目前比较统一的认识是在遗传背景的基础上，氧化损害和兴奋性毒性作用共同损伤了运动神经元，影响了线粒体和细胞骨架的结构和功能。
一般来说，病因包括感染和免疫、金属因素、遗传因素等，感染和免疫方面有的认为肌萎缩侧索硬化发病于朊病毒、人类免疫缺陷病毒等。金属元素方面有学者认渐冻人症与某些金属中毒有关，比如铝的含量增高等。
遗传因素是指常染色体显性遗传，最常见的致病基因是铜锌超氧化物歧化酶基因。营养障碍因素是指肌萎缩侧索硬化，患者血浆维生素B1减少。
神经递质方面主要是兴奋性氨基酸，比如谷氨酸和天门冬氨酸的细胞毒性作用，在肌萎缩侧索硬化的发病中起着重要的作用。