遗传性小儿癫痫一部分是因为结构异常造成，属于难治性的占25%。通过药物，还有神经调控、手术的方法，只能够改善症状，不能够治愈。还有75%的患者只是因为基因突变造成神经递质的改变，没有结构的异常，会发生良性的小儿癫痫，这种的遗传性小儿癫痫的治愈率非常高。
到12岁的时候90%都可以治愈，到17岁99%的儿童良性的遗传性癫痫都能治愈。所以总的来说，大部分的儿童小儿遗传癫痫能治愈，有25%的患者属于难治性，通过各种方法只能够改善症状，或者连症状都不能改善。