先天性甲状腺功能减退症可引起呆小症，患儿除了身材矮小以外，同时还伴有智力发育迟缓，起病得越早提示病变越严重。如果治疗不当可造成永久性的智力低下，患者还可发生聋哑或者肢体畸形。
先天性甲状腺功能低下常见的原因有缺碘，还有先天性甲状腺不发育，或者口服过量的抗甲状腺药物的孕妇的婴儿。现在这种孩子已经很少了，因为在出生儿都会查足跟血，检查甲状腺激素的水平。如果有甲减是会采取早期治疗的，给予左甲状腺激素终身替代治疗。发现的越早，治疗的越早，恢复的也就越好。