甲状腺功能减退症患者替代治疗的药物主要有左甲状腺素片、甲状腺片两种。左甲状腺素片替代治疗是最常用的方法和药物，左甲状腺素片一般替代治疗需要从小剂量开始，在医生指导下进行。随后每4-8周检查一次甲状腺功能，以评价服用的剂量是否恰当，并调整药物用量，需要注意的是，儿童患者生长发育需求高于成年人，所以需要较大的替代剂量。
老年患者伴有心脏病、精神症状者剂量应该酌减，妊娠妇女的替代剂量需要在原有剂量的基础上增加30%-50%。甲状腺片替代治疗也是临床上常用的治疗药物之一，它的疗效肯定，一般从小剂量开始，随后根据缓解的情况逐渐增加剂量。当症状好转之后，应该将剂量调整至适当的维持量。甲状腺片治疗起效时间快，可以间隔数天或数周调整一次药物剂量，直至达到维持量为止。