小儿推拿不能治疗乳糖不耐受，乳糖是哺乳动物乳汁中特有的一种双糖，在妈妈的乳汁、牛奶和奶制品中都含有乳糖。正常人的小肠中有可以分解乳糖的乳糖酶，而乳糖不耐受的宝宝是因为体内乳糖酶分泌的很少，或者乳糖酶的活性不高，当宝宝进食了含有乳糖的食物时，因无法分解或者吸收乳糖，导致乳糖对肠道内菌群酵解成乳酸等成分，从而出现腹胀、腹痛、腹泻等症状。
小儿推拿虽然可以通过刺激相应的穴位和经络，达到治病和保健的目的，但不能促使宝宝体内生成乳糖酶。乳糖不耐受的宝宝，只有通过添加乳糖酶或者吃无乳糖的奶粉，来缓解乳糖不耐受的症状。