流产出来的胚胎作为医疗垃圾处理，如果采用的是药物流产，阴道排出的分泌物有血块状物质，应该是孕囊。如果在家中，需保留阴道排出物，去医院请专业医生看是否排除的是妊娠物，再将流出来的胚胎按照医疗垃圾处理办法，由有关医院部门处理。
如果是医院做人工流产，清宫手术完毕以后，医生检查胚胎是否干净，然后再进行处理。如果是习惯性流产掉出的胚胎，有时需要将胚胎做染色体检查，看看流产的原因，是不是小孩儿染色体有问题。总之，要经过有关部门处理。