巧克力囊肿指子宫内膜异位症的一种，在临床上并没有特异性的指标，通过它的升高就完全可以诊断为巧囊。巧囊患者有可能会出现癌症指标升高的是CA125。CA125升高往往可能会提示重症的子宫内膜异位症，或者可疑有深部异位症，但是并不是CA125升高就代表患者一定得巧囊，CA125的升高还存在其它疾病，例如卵巢癌或者盆腔炎等。临床上有时可以用CA125水平的高低来判断病情的严重程度等，但是敏感性和特异性均比较低，如果想要明确的诊断巧克力囊肿需要通过超声，必要时通过腹腔镜探查才能够诊断。