真菌性脑膜炎治愈率低，总共不到50%，死亡率高，所以预后欠佳，多数患者在数月内或者数年内死亡，存活的患者当中，病情因反复发作而逐渐加重。
引起真菌性脑膜炎最常见的主要有隐球菌感染引起，还会有念珠菌、曲霉菌、毛霉菌等。因为真菌感染脑膜和脑实质引起中枢神经亚急性或者慢性的疾病，造成头痛、发热，出现脑膜刺激征，表现为颈项强直、布氏征阳性、克氏征阳性。少数患者还会出现癫痫发作，表现出抽搐症状，也会出现精神症状。还有颅内压增高、头痛，伴恶心、呕吐、视乳头水肿，出现偏瘫、共济失调等症状。