百日咳是由百日咳杆菌感染引起的呼吸道疾病，百日咳的治疗，最重要的是抗生素疗法，百日咳杆菌对红霉素比较敏感，治疗上应该首选红霉素，能够渗进呼吸道分泌物中，达到有效浓度，效果比较好。
同时还要进行一般治疗，比如给孩子在痉咳期的时候使用镇静剂，可以用异丙嗪和苯巴比妥。如果痰液特别黏稠，要给口服化痰药，或者是应用雾化吸入来化痰。同时要注意防治并发症，可以采取体位引流治疗肺不张、吸痰、肺部排痰等办法来缓解分泌物的堵塞。
如果合并百日咳脑病的时候，可以选择甘露醇脱水降颅压，必要的时候用地塞米松治疗，同时中医、中药治疗，对百日咳也有比较好的效果。