血栓性脉管炎的治疗方法最主要的是针对绝大多数血栓性脉管炎的病因，也就是吸烟。在任何治疗之前的前提就是绝对戒烟，包括二手烟，否则治疗将无效。
临床可以根据病人的具体情况选择治疗方式，如发生了静脉的血栓可以使用口服的抗凝药，或局部使用喜辽妥、肝素钠软膏，避免浅静脉血栓继续蔓延。如果是动脉发生血栓，则可以使用扩血管、抗凝、溶栓、改善循环，以及抗血小板等药物进行治疗，以避免肢体出现严重缺血导致坏死。