轻微脑血栓一般能治好，绝大多数不会遗留后遗症。需要注意的是急性期过后，也就是发病的1-2周之后，需要积极进行康复治疗，以求所有的症状都消失，并且应该进行二级预防，防止再发生脑血栓。预防的方式包括生活方式改变、药物的治疗，以及对颅内外大血管狭窄进行处理。
一般脑血栓的病人要进行低盐、低脂饮食，适当运动，以及规律作息时间，规律生活，防止过度劳累，情绪过于激动、紧张等等。药物包括长期服用抗血小板的药物，比如阿司匹林或氯吡格雷。他汀类药物，比如阿托伐他汀或瑞舒伐他汀，以及改善循环的药物的应用。针对颅内外大血管的狭窄，可以在急性期过后进行CTA或脑血管造影的检查，确定是否需要进行支架成形术，或颈动脉内膜剥脱术的治疗，以防止再次发生脑血栓。