子宫内膜异位症的发病机制目前并不是十分的明确，目前被普遍认可的是子宫内膜种植学说，还有子宫内膜异位症的发生还可能与机体的免疫功能、遗传因素、环境因素等有关。
种植学说通常是指经血逆流，月经期脱落的子宫内膜随着经血逆流，可沿着输卵管进入盆腔，种植在卵巢和盆腔腹膜，并继续生长和蔓延，形成盆腔内子宫内膜异位症。现在经血逆流内膜种植学说已被公认，但经血逆流理论无法解释盆腔外的子宫内膜异位症，所以还是有待研究。