亚急性甲状腺炎是自限性的疾病，主要症状为发烧、甲状腺疼痛，经过一段的病程后病情会逐步地自行缓解。
所以对于亚急性甲状腺炎的治疗方法主要是对症治疗，嘱患者充分休息，如甲状腺疼痛明显可以给予非甾体消炎药止疼。
如果发烧体温在38℃以上，可以给予退烧药。患者如果发烧或甲状腺疼痛症状严重，病人难以忍受的情况，可以给予糖皮质激素的治疗。糖皮质激素使用后，症状可以迅速缓解，减轻亚甲炎的症状。
但是由于糖皮质激素有一定的不良反应，而且激素如果过早停药会导致病情反复，所以应当慎重使用糖皮质激素。亚急性甲状腺炎是自限性疾病，主要的治疗是对症治疗。