扁桃体结石发生于扁桃体上隐窝中，如果上隐窝处长期阻塞，分泌物引流不通畅，干酪样的物质沉积导致无机盐的沉积，从而形成结石。
扁桃体结石一般会使人感到咽喉部的疼痛不适，也可以诱发口臭，平常一定不要用棉棒指甲去搔刮它。如果想取出扁桃体结石，一般可以用探针先探查一下结石的位置，如果结石比较大，用手指触摸也可以确定结石的位置。
小的结石一般用刮匙或者是镊子可以直接取出，大的结石需要在表面麻醉下面切开黏膜的取出，取的时候要注意防止坠入呼吸道。